A fines de 1937 el Doctor Parmenio Yáñez, por aquel entonces profesor de Biología en la Facultad de Filosofía de la Universidad de Chile, obtiene la aprobación del consejo Universitario una comisión para estudiar en Europa Biología marina y sus proyecciones en la industria pesquera. Esto con el propósito de establecer a su regreso una estación biológica dependiente de la Universidad y destinada a satisfacer las necesidades de docencia e investigación en el país.
A su regreso en 1939, se iniciaron las gestiones para crear la estación biológica.
El 15 de octubre de 1940 el Consejo Universitario designó una Comisión para buscar en la costa de Valparaíso, el lugar más apropiado para establecer el nuevo instituto. Se consideraron distintos lugares del borde costero de la región de Valparaíso, siendo Caleta Montemar la escogida por las ventajas comparativas que presenta el lugar para el desarrollo del proyecto, como es, la protección de los edificios proyectados al frente expuesto, con el cordón de rocas donde se generan pozas intermareales, el cual, se extiende paralelo a la pequeña playa y poza de la caleta, además por la existencia en el lugar de variados fondos marinos provistos de una riquísima flora y fauna accesible con la marea baja. Elegida la ubicación de Montemar, se obtiene la concesión de la paya el 17 de abril de 1941.
El 28 de agosto de 1941, el Rector de la Universidad de Chile, Don Juvenal Hernández, dispuso la creación de la Estación de Biología Marina, designando Director al Dr. Parmenio Yáñez y encargándole llevar adelante la construcción del edificio y su equipamiento.
En diciembre de 1941, se inicia la construcción del edificio. El proyecto de arquitectura presentado por Gebhard, produjo en ese entonces entre los arquitectos y estudiantes de arquitectura expectación y una considerable contraposición, se reconocía en Enrique Gebhard su condición de arquitecto de avanzada su manifiesta simpatía por Le Corbusier y sus conexiones con profesionales de Brasil. Como las edificaciones fueron entregadas por etapas, solo en la década del cincuenta finalizaron las construcciones generales que vemos en la actualidad, pero el proyecto original que Gebhard propuso, contenía una mayor superficie construida, que por razones de financiamiento, hasta ahora, no se ha realizado, estas consistían en dependencias para el desarrollo de la oceanografía y otras, que el llamo, para la difusión cultural, constituida esta última, por un Acuario Público y un Jardín Costero, el cual sería, un pequeño parque botánico, donde se cultivarían plantas del litoral y de las islas pertenecientes a Chile.
En 1945 se pone en marcha la Estación.
